Comme dans plusieurs pays du Sud, le suivi virologique des patients sous traitement antirétroviral (TARV) en Guinée est timide voire inexistant dans certaines localités. Le but de cette étude était d’évaluer la faisabilité technique et logistique de l’utilisation des DBS dans les tests de charge virale (CV) et de génotypage.
De septembre à octobre 2010, les DBS ont été préparés à partir de prélèvements sanguins de patients adultes sous TARV. Le délai d’envoi des échantillons au laboratoire de référence était de 30 jours maximum après le prélèvement et se faisait à température ambiante. La CV a été quantifiée et les échantillons de patients en échec virologique (CV ≥ 3 log10 copies/mL) ont été génotypés selon le protocole de l’ANRS. L’algorithme de Stanford version 6.0.8 a été utilisé pour l’analyse et l’interprétation des mutations de résistance.
Parmi les 136 patients inclus, 129 et 7 étaient respectivement sous première et deuxième ligne de traitement avec une médiane de suivi de 35 mois [IQR: 6-108]. L’échec virologique a été noté chez 33 patients. Parmi eux, 84.8% (
En plus de montrer la faisabilité technique et logistique des tests de CV et de génotypage à partir des DBS, ces résultats montrent l’intérêt de leurs utilisations dans le suivi virologique des patients sous TARV. Cette étude a permis également de documenter l’échec virologique, la résistance aux ARV et la diversité génétique du VIH-1 en Guinée.
VIH-1, Résistance aux ARV, DBS (Dried Blood Spots), Guinée Conakry, Génotypage, Charge Virale.
Quantification of Viral load and resistance tests of HIV-1 to ARVs from dried blood spots samples in Guinean patients undergoing antiretroviral treatment.
As in several countries of the South, the virological monitoring of patients undergoing antiretroviral treatment (ARVT) in Guinea is low or non-existent in some locations. The aim of this study was to assess the technical and logistical feasibility of the use of (dried blood spots) DBSs in viral load (VL) and genotyping tests.
From September 2010 to October 2010, DBS were prepared from blood samples of adult patients under ARVT. The samples had to be sent to the reference laboratory within 30 days after the sample had been done at ambient temperature. The VL was quantified and the samples of patients with virological failure (CV ≥ 3 log10 copies/mL) were genotyped according to the ANRS protocol. The Stanford algorithm, version 6.0.8, was used to analyse and interpret the resistance mutations.
Amongst the 136 included patients, 129 and 7 were under first and second line treatment respectively, and monitored for an average of 35 months [IQR: 6-108]. Virological failure was noticed among 33 patients. Among them, 84.8% (
In addition to demonstrating the technical and logistic feasibility of VL and genotyping tests from DBSs, these results show the relevance of their use in the virological monitoring of patients under ARVT. Also, this study made it possible to provide information on virological failure, ARV resistance and the HIV-1 genetic diversity in Guinea.
En Guinée, la prévalence du VIH chez les adultes (15-49ans) est estimée à 1.4%.
Cette étude a porté sur des patients adultes (≥ 18 ans) sous TARV depuis au moins 6 mois, suivis dans le cadre du programme national. Les patients inclus dans cette étude ont été recrutés consécutivement sur la période allant de septembre à octobre 2010 au niveau de 4 sites de prise en charge (PEC). Les individus infectés par le VIH-2 ou coinfectés par le VIH-1 et VIH-2, de même que les femmes ayant bénéficiés d’une prévention de la transmission mère-enfant du VIH (PTME), n’étaient pas inclus. Le choix de ces sites a été fait de façon aléatoire et sur la base de l’existence d’association de personnes vivant avec le VIH pouvant faciliter la collecte des échantillons. Un des sites est situé dans la capitale, le Centre de Traitement Ambulatoire de Conakry, et les 3 autres sont localisés dans les régions de Boké, Mamou et Labé, distants respectivement de 300, 350 et 600 km de la capitale (
Répartition des sites de collecte des échantillons.
Pour chaque patient, 5 mL de sang total ont été recueillis dans un tube EDTA par ponction veineuse au niveau du pli du coude pour servir à la préparation de 2 cartes de papier filtre Whatman 903®, conformément aux règles d’hygiène et de sécurité , et 50 µL de sang total ont été déposés sur chacun des 5 spots à raison d’une carte DBS, préalablement identifiée et datée. Les échantillons ont été séchés pendant la nuit à température ambiante (30 à 37 °C). Chaque échantillon DBS a été placé dans un sachet plastique individuel hermétiquement fermé en présence de dessiccateurs. Puis, ils ont été conservés et stockés sur site à température ambiante. L’envoi des DBS vers le laboratoire de Bactériologie Virologie de l’Hôpital Aristide Le Dantec de Dakar au Sénégal pour les tests de CV et de génotypage s’est fait par voie terrestre dans les 30 jours suivant le prélèvement.
A partir de 2 spots de chaque échantillon DBS/patients et à l’aide de l’appareil NucliSENS miniMAG (bioMérieux, Craponne, France), les acides nucléiques totaux ont été obtenus par extraction magnétique et manuelle selon la chimie de Boom.
La détermination de la CV a été effectuée à partir de l’extrait obtenu et ceci en utilisant kit NucliSENS EasyQ HIV-1 v2.0 (bioMérieux, Craponne,France) conformément aux instructions du fabriquant. La plateforme utilisée était NucliSENS® EasyQ (BioMérieux, Lyon, France) et le principe est une amplification de type NASBA. Le seuil de détectabilité de la technique est de 800 copies/mL.15 Dans cette présente étude, le seuil de l’échec virologique a été fixé à 3 log10 copies/mL
Le génotypage a été effectué selon le protocole de l’ANRS (
Cette étude est une sous-étude d’un projet multicentrique impliquant 3 pays de l’Afrique de l’Ouest (Sénégal, Mali et la République de Guinée) et a été approuvée par les comités éthiques nationaux de ces pays. Les patients ont été recrutés consécutivement sur base volontaire, sur une période allant de septembre à octobre 2010 après signature d’un formulaire de consentement libre et éclairé. Pour garder confidentielles les données des participants, un code unique a été attribué à chaque prélèvement.
Au total 136 patients infectés par le VIH-1 sous TARV ont participé à cette étude. Parmi eux, 129 étaient sous traitement de première ligne (2INTI + 1INNRT) et 7 sous deuxième ligne (2INTI + 1IP/r), avec une médiane de suivi thérapeutique de 35 mois [IQR: 6-108 mois]. Le sexe ratio Homme/Femme était de 0,64 et l’âge médian était de 38 ans [IQR: 18-61 ans] Boîte 1.
L’échec virologique (CV ≥ 3 log10 copies/mL) a été observé chez 33 patients soit un taux de 24.26% (
Données liées aux patients en échec virologique (CV ≥ 3 log10 copies/mL).
Sites de collectes des DBS | Codes Patients | Traitement ARV antérieur | Traitement ARV en cours | Durée du traitement (mois) | CV (log10copies/mL) | Mutations de résistance INRT | Mutations de résistance INNRT |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Conakry | GUIN_080 | - | AZT+3TC+NVP | 26 | 6.08 | M184V,T215ST | V106A,E138K |
GUIN_102 | - | AZT+3TC+NVP | 30 | 6.42 | M41L,M184V,T215Y | V90I, V108I, Y181C, H221Y | |
GUIN_113 | - | AZT+3TC+NVP | 36 | 3.42 | M41L, D67G, T69AD, K70R, V75M, M184V, T215Y | K101EK, K103N | |
GUIN_123 | - | AZT+3TC+NVP | 42 | 4.22 | M184V, T215F | K101P | |
GUIN_125 | AZT+3TC+NVP | d4T+3TC+NVP | 6 | 3.62 | K70KR | V90I | |
GUIN_132 | - | AZT+3TC+EFV | 25 | 5.53 | - | - | |
GUIN_142 | - | AZT+3TC+NVP | 23 | 4.36 | - | - | |
GUIN_176 | - | d4T+3TC+NVP | 16 | 3.25 | - | K103EK | |
GUIN_198 | AZT+3TC+NVP | ABC+IDV+ LPVr | 108 | 6.09 | D67N, K70R, M184V, L210W, T215Y, K219E | K103N, Y181C, G190A, H221Y | |
GUIN_204 | AZT+3TC+NVP | AZT+3TC+LPVr | 39 | 5.20 | T69N | V179E | |
GUIN_207 | - | AZT+3TC+NVP | 40 | 6.75 | T69N, L74I, Y115F, M184V, K219EK | V90I, K103N, V108I, V179E, P225H | |
GUIN_209 | d4T+3TC+NVP | AZT+3TC+NVP | 33 | 5.39 | - | V90IV, Y181C | |
GUIN_213 | AZT+3TC+NVP | TDF+ABC+LPVr | 36 | 4.93 | - | - | |
GUIN_214 | AZT+3TC+NVP | d4T+3TC+NVP | 7 | 3.64 | - | - | |
Mamou | GUIN_003 | AZT+3TC+EFV | AZT+3TC+NVP | 53 | 4.87 | - | - |
GUIN_006 | AZT+3TC+EFV | AZT+3TC+LPVr | 18 | 3.68 | - | - | |
GUIN_009 | - | d4T+3TC+NVP | 77 | 3.49 | D67N, K70R, M184V, K219Q | K103N | |
GUIN_021 | - | AZT+3TC+NVP | 6 | 3.91 | M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y | K103N, V106M | |
GUIN_031 | AZT-DDI-EFV | AZT+3TC+EFV | 77 | 3.54 | D67d, T69G, M184V, T215F, K219E | K103N, Y188H | |
GUIN_032 | d4T+3TC+NVP | AZT+3TC+NVP | 52 | 3.36 | -- | - | |
GUIN_033 | - | d4T+3TC+NVP | 70 | 3.40 | - | - | |
GUIN_005 | AZT+3TC+NVP | d4T+3TC+NVP/IDV | 56 | 3,63 | Non Amplifié | Non Amplifié | |
GUIN_004 | AZT+3TC+NVP | d4T+3TC+NVP | 60 | 3,27 | Non Amplifié | Non Amplifié | |
Boké | GUIN_076 | - | AZT+3TC+NVP | 44 | 3.08 | D67H, K70R, M184V, K219E | V106I,Y188L |
GUIN_077 | - | d4T+3TC+NVP | 6 | 5.11 | - | K103T,G190AG | |
GUIN_095 | AZT+3TC+EFV | d4T+3TC+NVP | 21 | 3.15 | M184V | K103N | |
GUIN_099 | - | d4T+3TC+NVP | 17 | 3.80 | -- | - | |
GUIN_164 | AZT+3TC+NVP | d4T+3TC+NVP | 21 | 3,13 | Non Amplifié | Non Amplifié | |
GUIN_028 | - | AZT+3TC+NVP | 44 | 3,07 | Non Amplifié | Non Amplifié | |
GUIN_206 | d4T+3TC+NVP | AZT+3TC+NVP | 20 | 3,06 | Non Amplifié | Non Amplifié | |
Labé | GUIN_048 | - | AZT+3TC+EFV | 30 | 3.36 | M184V,T215Y | K103N,V108I |
GUIN_050 | d4T+3TC+NVP | AZT+3TC+NVP | 27 | 5.81 | - | K103KN,G190AG | |
GUIN_053 | - | d4T+3TC+NVP | 86 | 5.39 | T69N, K70R, M184V, K219Q | V108I,Y181C |
Caractéristiques de la population d’étude et nombres de participants par sites.
Caractères | Effectifs | |
---|---|---|
Conakry (CHU de DONKA) | 44 | |
Boké (Hôpital régional) | 33 | |
Mamou (Hôpital régional) | 35 | |
Labé (Hôpital régional) | 24 | |
Sexe ratio (Homme/femme) | 0.64 | |
Médiane d’âge | 38 [IQR : 18-61 ans] | |
Première ligne (2INTI+1INNTI) | 129 | |
Deuxième ligne (2INTI+1IP) | 7 | |
Médiane de suivi thérapeutique | 35 [IQR : 6-108 mois] |
INRT, inhibiteur nucléosidique de la reverse transcriptase; NNRTI, inhibiteur non nucléosidique de la reverse transcriptase; AZT, zidovudine; 3TC, lamivudine; ABC: abacavir; NVP, nevirapine; EFV, efavirenz; d4T, stavudine; IDV, indinavir; LPV/r, lopinavir/ritonavir.
Au total, 28/33 échantillons de patients en échec virologique ont pu être génotypés soit un taux d’amplification réussi de 84.84%. La médiane de CV de ces échantillons de patients en échec virologique génotypés (
Fréquences des mutations observées en fonction de la durée du Traitement.
L’analyse phylogénétique des séquences nucléotides a permis de montrer la prédominance du CRF02_AG, 82% (
Arbre PhyML montrant la relation phylogénétique entre les séquences requêtes (
Cette étude décrit pour la première fois en Guinée les données relatives à l’échec virologique et le taux de résistance du VIH-1 chez des patients sous TARV. Précédemment, dans des conditions relativement similaires à celles décrites dans cette étude, du fait que le plasma soit le type d’échantillon de référence pour la quantification de la CV et la réalisation des tests de résistance, nous avons effectué des études d’évaluation et de faisabilité des tests virologiques à partir d’échantillons DBS. Ce fut, d’une part, des comparaisons de valeurs de CV et de profils de résistance entre échantillons pairs plasma et DBS
Les mutations de résistances sélectionnées chez les patients en échec virologique dans cette étude (
L’analyse phylogénétique des souches virales étudiées montre une forte prédominance du CRF02_AG (81%,
Ces résultats montrent la faisabilité technique et logistique des tests de CV et de génotypage à partir de prélèvements DBS. D’un autre côté, cette étude montre l’intérêt de l’utilisation des DBS comme support de prélèvement dans le monitoring virologique des patients sous TARV en Guinée, pays où le suivi virologique est encore peu structuré. De plus elle a permis de documenter le taux de patients en échec virologique, la résistance du VIH-1 aux ARV et la diversité génétique en Guinée.
Nous remercions l’Organisation Ouest Africaine de la Santé (OOAS) pour avoir financé cette étude, SOLTHIS Guinée (Solidarité Thérapeutique et Initiative contre le SIDA) pour son assistance, toutes les équipes de recherches ayant contribué à ce travail, l’ensemble du personnel des sites de PEC du Guinée, les différentes organisation des PVVIH/SIDA et les patients qui ont bien voulu participer à cette étude.
Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun lien financier ou personnel qui pourrait les influencer de façon inappropriée en écrivant cet article.
C.T.K. (Université Cheikh Anta Diop) était le chef de projet. C.T.K, H.D.N., A.A.M.D. (Université Cheikh Anta Diop) et M.C. (Service de Dermatologie CHU Donka, CTA, Conakry) étaient responsables de la conception expérimentale et de celle du projet. A.A.M.D. (Université Cheikh Anta Diop) et N.B. (Service de Dermatologie CHU Donka, CTA, Conakry) ont effectué les analyses virologiques et écrit le manuscrit initial. Tous les auteurs ont participé à sa rédaction et édition finales. Tous les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.